棚段塔では、Feed された液と塔下部から上がってくる蒸気がトレイデッキ上で気液接触し、液はダウンカマーと呼ばれる部分を通って下段に落とされていきます。このダウンカマーでは液が一定時間滞留するように設計され、その間にデッキ上で混ざり合った液と蒸気が別れて、蒸気が下段に送り込まれないような仕組みになっています。

充填塔と同じく沸点差により塔上部に低沸点成分が下部に高沸点成分が分離されていきます。

塔頂部には一般的にコンデンサーと呼ばれる凝縮器が付いており、一部を塔内に戻して（Reflux）再度蒸留することで、純度の向上を図っています。

塔下部は加熱器とつながっていて、加熱された蒸気が塔内に送り込まれてきます。この送り込まれる蒸気は搭最下部に落ちた成分を再加熱（リボイリング）したものや水蒸気（ストリッピングスチーム）などプロセスにより様々です。